Quando le apparizioni della Vergine ebbero inizio il 24 coiè il 25 giugno 1981 nella parrocchia di Medjugorje, nella diocesi di Mostar-Duvno-Trebinje-Mrkanj, a cui la parrocchia di Medjugorje appartiene, il vescovo era Pavao Zanic (1971-1993). Egli è stato seguito da Ratko Peric.
La sua posizione nei confronti delle apparizioni della Vergine è passata da una calorosa approvazione ad un infuocato rifiuto. Queste sue posizioni hanno fatto sì che la notizia delle apparizioni della Vergine si diffondesse in tutto il mondo.
Durante i primi due mesi delle apparizioni della Vergine il vescovo si recò a Medjugorje cinque volte. Successivamente vi si recò solo per amministrare la cresima ai credenti.
Ha dichiarato pubblicamente: "Sono profondamente convinto che nessun ragazzo, tra quelli che dicono di aver visto la Madonna, nessuno di loro è stato istigato. Se si trattasse di un ragazzo si potrebbe dire: ha la testa dura e neppure la polizia può farci nulla. Sei innocenti, sei semplici ragazzi nel giro di mezz'ora direbbero tutto se qualcuno li avesse convinti. Nessuno dei sacerdoti, lo garantisco personalmente, ha mai avuto intenzione o fatto in modo di convincere i ragazzi... Quindi sono convinto: i ragazzi non mentono! I ragazzi dicono esattamente quello che sentono nei loro cuori... E' sicuro: I ragazzi non mentono." (Omelia a Medjugorje in occasione della festa di S. Giacomo, protettore della parrocchia di Medjugorje, 25 luglio 1981). Al "Glas Koncila" (La Voce del Concilio) il giornale cattolico croato il 16 agosto 1981 dichiarò: "E' sicuro che i ragazzi non siano stati spinti da nessuno, e tanto meno dalla Chiesa, a dire bugie."
In questo periodo il parroco di Medjugorje era fra Jozo Jovko. Insieme a lui in parrocchia lavorava fra Zrinko Cuvalo. All'inizio entrambi erano impetuosamente contrari a tutto quello che veniva definito apparizione o visione della Vergine. Il vescovo Pavao Zanic li invitò ad essere più risoluti e a riconoscere l'operato di Dio in tutto questo. Essi risposero che non bisognava mettere fretta, ma osservare come la situazione si sarebbe evoluta. Tuttavia, la posizione favorevole del vescovo fu molto incoraggiante e stimolante sia per loro, sia per tutti coloro che per vari motivi non avevano assunto un atteggiamento favorevole nei confronti delle apparizioni di Medjugorje.
Il potere comunista di allora non aveva mostrato benevolenza nei confronti di quanto accadeva a Medjugorje e parlò di controrivoluzione (4 luglio 1981). Il servizio segreto di polizia convocò in giudizio il vescovo di allora Pavao Zanic ed anche fra Jozo Zovko a Sarajevo. Gli avvenimenti seguirono il loro corso. Il vescovo Pavao Zanic iniziò a parlare sempre meno delle apparizioni della Vergine e fra Jozo Zovko, in quanto parroco, iniziò a credere sempre più nella soprannaturalità delle apparizioni della Madonna. Per questo suo atteggiamento, fra Jozo venne arrestato il 17 agosto 1981 e poco dopo condannato a tre anni e mezzo di reclusione. Insieme a lui venne mandato in prigione anche fra Ferdo Vlasic e dopo un po' fra Jozo Krizic. La situazione era molto tesa. Era pericoloso dire in pubblico qualsiasi cosa riguardante Medjugorje. Alcuni paesani e pellegrini finirono in prigione.
Dopo un periodo di silenzio il vescovo Pavao Zanic si mise in netto contrasto con gli avvenimenti di Medjugorje. Pubblicò anche due scritti rivolti a tutto il mondo: 1) "La posizione attuale (non ufficiale) della curia vescovile di Mostar nei confronti degli eventi di Medjugorje" il 30 ottobre 1984; 2) "Medjugorje", 1990. Con la lettera del Segretario di Stato Vaticano n. 150.458 del 1 aprile 1985, il cardinal Casaroli chiese al cardinale croato Franjo Kuharic che, in seguito all'intervento pubblico del vescovo Zanic con la sua lettera "La posizione attuale...." che - dice Casaroli - "ha avuto profondo eco nella stampa" - chiedesse al vescovo Zanic di evitare qualsiasi dichiarazione personale fino a quando non saranno stati raccolti gli elementi necessari per fare chiarezza sugli avvenimenti ed emettere un giudizio definitivo." Purtroppo, questa richiesta non ha ricevuto grande attenzione da parte del vescovo.
Il vescovo Pavao Zanic per molto tempo non ha ritenuto di aver bisogno di qualcuno che lo aiutasse a valutare gli avvenimenti nella parrocchia di Medjugorje. Poi, in seguito a richieste provenienti da varie parti, nel gennaio 1982 istituì una commissione formata da quattro componenti. Sebbene all'inizio la commissione avesse dichiarato che avrebbe coscienziosamente eseguito il proprio lavoro, questo purtroppo non è avvenuto. Raramente o quasi mai si sono recati a Medjugorje. La conferenza episcopale jugoslava dell'epoca desiderava che la situazione venisse seriamente considerata. Consigliò al vescovo Zanic di nominare una commissione di esperti che facesse luce sugli avvenimenti di Medjugorje. Nel mese di febbraio 1984 il vescovo Zanic ampliò la commissione portandola a quattordici membri. In molti non erano soddisfatti perchè numerosi componenti della commissione erano persone che in passato si erano pronunciate negativamente sulle apparizioni della Vergine. La prima seduta della Commissione ebbe luogo il 23 e 24 marzo 1984. Al termine della seduta venne redatta una dichiarazione per la stampa nella quale si diceva tra le altre cose, che le rare riunioni erano dettate dal fatto che la Santa Sede aveva suggerito di non affrettarsi nell'analisi e nel raggiungimento di un giudizio.
La commissione si riunì la seconda volta nel mese di ottobre 1984. La dichiarazione fu identica a quella della prima volta.
Nel 1987 vi fu un grande cambiamento. Il responsabile della congregazione della dottrina della fede Cardinale Joseph Ratzinger affidò l'esame degli avvenimenti nella parrocchia di Medjugorje alla conferenza episcopale jugoslava.
b) Dichiarazione della Conferenza Episcopale Jugoslava dell'epoca
Dopo un'analisi durata tre anni, la Conferenza Episcopale Jugoslava dell'epoca il 10 aprile 1991 ha reso nota una dichiarazione in cui, tra le altre cose, si afferma: "Sulla base delle ricerche finora compiute non è possibile dichiarare che si tratti di apparizioni e fenomeni soprannaturali." Non si dice quindi che non vi sono apparizioni, ma solo che non sono ancora state confermate. Queste parole sono state in realtà un compromesso tra la posizione del vescovo Zanic ed i buoni frutti che le apparizioni di Medjugorje producono. Rendendosi conto della grandezza degli eventi di Medjugorje, i vescovi hanno deciso di dedicare attenzione allo studio della Beata Vergine Maria nella parrocchia di Medjugorje. Si sono impegnati a fornire adeguate direttive liturgico-pastorali.
I vescovi si sono recati solennemente a Medjugorje il 17 giugno 1991. Il giorno prima a Mostar avevano istituito una commissione per la vita pastorale nella parrocchia di Medjugorje. A capo di questa commissione c'era Franjo Komaric, vescovo della diocesi di Banjaluka, e tra i suoi componenti c'erano Vinko Puljic, arcivescovo di Sarajevo, Slobodan Stambuk, vescovo della diocesi croata e Pavao Zanic, vescovo della diocesi di Mostar-Duvan-Trebinje-Mrkanj nella quale è situata Medjugorje. La commissione comprendeva poi altri quattro consiglieri. Tutti i quattro vescovi, insieme agli altri sacerdoti, hanno celebrato la Santa Messa serale per i pellegrini. La Messa è stata celebrata dal vescovo Pavao Zanic e l'omelia è stata tenuta dall'arcivescovo Vinko Puljic. Con questo atto si è confermato che Medjugorje è un luogo di preghiera, un luogo santo in cui gli uomini si avvicinano a Dio.
La commissione per la vita pastorale nella parrocchia di Medjugorje ha deciso di riunirsi nuovamente il 26 giugno 1991. Tuttavia, con l'assalto serbo alla Slovenia, quello è stato il giorno in cui ha avuto inizio la guerra che ha conficcato l'ultimo chiodo nella bara chiamata Jugoslavia. Con la disintegrazione dello stato jugoslavo, si è sciolta anche la Conferenza Episcopale Jugoslava.
Pavao Zanic venne sostituito dal vescovo Ratko Peric che, durante il periodo in cui Zanic era in carica, fu docente presso l'Università Gregoriana a Roma e rettore del collegio di San Girolamo a Roma. Aiutò molto il vescovo Pavao Zanic durante le sue visite a Roma.
Divenne vescovo della diocesi di Mostar-Duvno-Trebinje-Mrkanj nel 1993. Seguì le orme del suo predecessore riguardo alle apparizioni della Vergine nella parrocchia di Medjugorje. Egli non si reca in parrocchia, se non quando deve amministrare la santa cresima o durante altre occasioni ufficiali. A testimonianza della falsità delle apparizioni della Vergine egli solitamente cita la "Dichiarazione" dell' ex conferenza dei vescovi jugoslavi. Egli dice che i vescovi di allora hanno detto molto chiaramente che la Vergine non appare a Medjugorje. Per l'opinione pubblica ha riportato la sua più completa opinione nel libro "Il trono della saggezza" (Crkva na Kamenu, Mostar 1995). In un capitolo del libro dal titolo "I criteri per la valutazione delle apparizioni", nel paragrafo dal titolo "A proposito delle apparizioni di Medjugorje" (pagg. 266-286), egli cerca di dimostrare che le apparizioni della Vergine non sono vere. Alla fine del capitolo riassume queste sue opinioni in 10 punti.
Il giorno della festa del Corpo e del Sangue di Cristo, il 14 giugno 2001, Mgr. Ratko Peric ha conferito il sacramento della Confirmazione a 72 candidati nella parrocchia di Medjugorje.
Nella sua omelia, ha ripetuto che non crede al carattere sopranaturale delle apparizioni di Medjugorje, ma ha espresso la sua soddisfazione sul modo in cui il parrocco gestisce questa parrocchia. Ha anche sottolineato l'importanza dell'unità della Chiesa cattolica, che è manifestata dall'unità con il vescovo locale ed il papa, ed anche la necessità che tutti i fedeli di questa diocesi, nella potenza dello Spirito Santo che è stato dato loro, siano fedeli all'insegnamento ed alla pratica della Chiesa Cattolica e Romana.
Dopo la celebrazione solenne dell’Eucarestia, Mgr. Ratko Peric è rimasto nella conversazione amichevole con sacerdoti nella canonica.