A giudicare dalle grotte presenti sul territorio di Brotnjo e della parrocchia di Medjugorje non è escluso che in questa zona l'uomo vivesse già all'origine dell'età della pietra. Dall'età della pietra più recente provengono prove materiali dell'esistenza di una cultura e civiltà pre-illiriche in questo territorio. Nell'età del bronzo appaiono le tribù illiriche. Alcuni oggetti di rame rinvenuti in questa zona sono la testimonianza dell'intensa vita condotta dagli Illiri. A questo periodo risalgono anche insediamenti posti in luoghi elevati, circondati o squadrati, talvolta cinti da doppie mura. (Nel territorio di Medjugorje a Surmanci e a Zuzelj.) Oltre agli insediamenti, i resti più evidenti della civiltà illirica sono le tombe di dignitari dell'epoca, numerose nel territorio di Brotnjo ed anche in quello della parrocchia di Medjugorje.
Nel II secolo a.C. i Daors vengono a contatto con i Romani ed insieme combattono contro la tribù illirica dei Dalmati. Brotnjo apparteneva inizialmente alla provincia illirica della Dalmazia, il cui centro amministrativo era a Salona, vicino Spalato. Le iscrizioni funerarie in lingua latina dimostrano che sul territorio di Brotnjo erano presenti legioni e coorti e che qui vivevano guerrieri-veterani romani. Dell'epoca romana rimangono i resti di strade costruite nel III sec. Inoltre sono stati rinvenuti numerosi resti funerari dell'epoca romana, come pure molti oggetti di uso quotidiano. Il più importante rinvenimento dell'epoca romana sul territorio di Medjugorje si trova nel cimitero cattolico di Miletina, dove sono presenti i resti di alcune costruzioni con mattoni romani, ma le ricerche condotte sinora non sono state esaurienti.
Dalla fine del VI secolo i Croati insiedano in queste zone. Brotnjo costituisce un'unica comunità politico-territoriale guidata dal capo tribù.
Brotnjo ha sempre fatto parte del territorio di Humska che nel 1322 apparteneva allo stato bosniaco. All'incirca nel 1357 questo territorio si trovava sotto il potere del re ungaro-croato Ljudevit I.
Del periodo del Medio Evo i resti pù noti delle civilità che vivevano in queste zone sono le pietre sepolcrali, un vero e proprio simbolo autoctono. L'Erzegovina, per il numero e le dimensioni dellenecropoli, la ricchezza degli ornamenti e la bellezza ed il valore artistico delle pietre sepolcrali , prevale rispetto alle altre oggi presenti in Croazia ed in Bosnia e Erzegovina. Anche a Brotnjo vi sono molte necropoli e pietre sepolcrali, come pure nel territorio di Medjugorje. Su alcune sono raffigurate delle croci con le mani levate in preghiera.
Fino al XII secolo questo fu un territorio glagolitico, come dimostra la lastra di Hum. Nella seconda metà del XII secolo inizia la dominazione della scrittura cirillica, ovvero bosniaca. Nella zona di Brotnjo non è stata ritrovata neppure un'iscrizione in latino risalente al Medio Evo, ma solamente iscrizioni croate scritte in caratteri cirillici bosniaci.
La cristianità si manifesta nella zona di Medjugorje già all'epoca dei Romani. A giudicare dai numerosi resti di antiche croci, il cristianesimo era molto diffuso ma venne in gran parte annientato e le chiese vennero distrutte durante le migrazioni popolari del VI e VII secolo. I croati insediatisi qui accolsero ben presto il cristianesimo e la cristianizzazione ebbe iniziò già nel VII secolo. Tuttavia la Chiesa cattolica nello stato croato-bosniaco del Medio Evo non era mai riuscita ad affermarsi saldamente. Nel XIII secolo nello stato croato-bosniaco al quale apparteneva anche la zona di Hum (Erzegovina) arrivarono i primi missionari domenicani e, dopo il loro insuccesso, anche i francescani, i quali riuscirono immediatamente ad ottenere ottimi risultati nel riportare i "cristiani bosniaci" in seno alla Chiesa ed alla fede cattolica.
La Bosnia-Erzegovina cadde sotto il dominio dei turchi nel 1463. Essi intendevano occupare tutta la Croazia, arrivando a sgominare anche Vienna e Roma ed ancor di più a ovest. Il loro cammino venne sbarrato dalla Croazia che per questo motivo il Papa definì "avanposto della cristianità". Ma il prezzo pagato dalla Croazia fu elevato: molti croati morirono nelle continue guerre e le venne tolto il suo nucleo, il suo cuore: la Bosnia e Erzegovina.
La vita dei cattolici sotto il domino turco fu costantemente soggetta all'islamizzazione, all'oppressione e all'esilio. Nell'ambito della struttura feudale turca il cristiano non poteva possedere beni immobili. I cattolici furono sempre considerati "nemici dello stato", perchè essi facevano capo alla "nemica" Roma. Sbarcavano il lunario allevando il bestiame e lavorando nei possedimenti turchi e dei signorotti locali islamizzati, pagando tasse elevate sotto forma di bestiame, grano e bambini, che i turchi rapivano, islamizzavano e facevano di loro dei giannizzeri o formazioni di elite per la conquista dei territori cristiani ancora liberi. Per questo motivo molti cristiani furono costretti a fuggire verso l'occidente. In tal modo l'elemento musulmano riuscì a penetrare in Bosnia e Erzegovina. Fino all'epoca dell'occupazione turca la Bosnia e Erzegovina era abitata quasi al 100% da croati. Contemporaneamente all'ingresso dei turchi da est anche i serbi, fuggendo da loro e successivamente aiutandoli nella conquista, sono arrivati in una zona dove fino ad allora non avevano mai vissuto.
L'opera dei francescani in questa zona, sin dal loro arrivo, ha sempre avuto un significato vitale per la cultura, la fede e per l'esistenza dei croati. I francescani arrivarono in territorio croato dai primi decenni del XIII secolo. Per l'intero periodo dell'occupazione turca (1463-1878) i francescani furono gli unici a curare le anime dei cattolici croati in Bosnia e Erzegovina e gli unici a sostenerli e difenderli dal potere turco. I francescani hanno svolto un importante ruolo nel destino del proprio popolo. Dopo che i turchi nella prima metà del XVI secolo distrussero tutti i conventi francescani in Erzegovina, la cura spirituale dei cattolici croati fu affidata ai francescani della cristianità dalmata, ovvero croata. Del domino turco rimangono i resti dei conventi ed all'epoca i francescani soffrirono, vennero torturati e gettati vivi nel fiume Neretva...
Nel territorio della Bosnia e Erzegovina, ed anche di più, venne istituita la provincia francescana bosniaca. Nel 1852 venne assegnata la custodia dell'Erzegovina e nel 1892 fu creata la provincia francescana dell'Erzegovina i cui membri operano oggi nella parrocchia di Medjugorje.
I francescani hanno lasciato tracce indelebili sul territorio della Bosnia e Erzegovina. Molti hanno arricchito la Chiesa croata grazie alla propria santità personale ed alla propria eroica testimonianza del Vangelo; hanno istruito la popolazione, contribuito alla diffusione dell'alfabetizzazione ed allo sviluppo dell'arte e della scienza.
Durante le grandi guerre del XVII secolo gran parte delle parrocchie dell'Erzegovina venne distrutta e tra di esse anche quella di Medjugorje. Quando nel XVIII secolo si ristabilì una pace relativa, i francescani riunirono i credenti rimasti e organizzarono le parrocchie. Quella di Medjugorje fu fondata nel 1892.
Dopo la liberazione dal dominio ottomano (1878), l'impero austro-ungarico assunse il potere in questi territori. Per motivi politici le zone appena liberate non vennero inserite nello stato croato al quale erano storicamente appartenute. Così ancora una volta nella storia la Bosnia e Erzegovina rimase fuori dalla propria terra.
Nel 1914 ebbe inizio la I Guerra Mondiale. La causa fu l'attentato a Francesco Ferdinando a Sarajevo ad opera del serbo Gavrilo Princip. Alla fine della I Guerra Mondiale nel 1918 con l'inganno venne creata la Jugoslavia come regno dei serbi, croati e sloveni. L'inganno venne organizzato dalle potenze dell'epoca. In questo stato il popolo croato viveva duramente ed il politico che si battè per la libertà dei croati e difese i loro interessi, Stjepan Radic, venne ucciso nel parlamento di Belgrado nel 1928. Nel 1929 venne costituito il regno di Jugoslavia, che venne poi smembrato all'inizio della II Guerra Mondiale.
Durante la II Guerra Mondiale il popolo croato subì pesanti perdite. Alla fine della guerra, quando la sua conclusione era già stata ufficialmente siglata, circa 300.000 tra civili e soldati persero la vita a Bleiburg quando dopo la capitolazione gli alleati, conformemente agli accordi raggiunti, dovettero dare rifugio ai croati e ad altre nazionalità costrette a fuggire dal comunismo. Tuttavia gli alleati, secondo gli ordini del maresciallo Harold Alexander, consegnarono militari e civili ai partigiani comunisti. A Bleiburg persero la vita moltissime persone mentre gli altri formarono una colonna lunga 60 km per far ritorno nella Jugoslavia comunista e ai loro accampamenti. Qui ebbe inizio il calvario del popolo croato, la cosiddetta “Via crucis”, che andò dal punto più a nord a quello più a sud del neonato stato jugoslavo. I partigiani uccisero i croati in marcia, senza un processo, senza accertare le presunte colpe, ma basandosi sul proprio giudizio. Vennero in particolar modo allontanati i croati dall'Erzegovina.
I comunisti uccisero 630 tra sacerdoti e suore della Croazia e Bosnia e Erzegovina e nella sola provincia francescana dell'Erzegovina persero la vita 70 francescani. La II Guerra Mondiale causò la morte di 344 persone nella parrocchia di Medjugorje.
Nella parrocchia di Medjugorje la vita sotto il dominio comunista fu dura. Le persone venivano percosse e condannate ad una lunga reclusione solo perchè erano cattoliche e croate. A scuola si cercava di snazionalizzare i bambini e di farli crescere atei. Grazie al forte sentimento religioso i comunisti non riuscirono a raggiungere questo loro obiettivo.
La zona inoltre veniva trascurata in modo che quanta più gente possibile emigrasse. I pellegrini che vennero in questa zona all'inizio delle apparizioni hanno assistito a tutto questo. Li attendevano una zona povera e poliziotti nemici. Il potere di allora non consentiva che si offrisse loro alcun tipo di servizio ma, come si faceva anche con la popolazione locale, li si allontanava o condannava alla reclusione perchè dicevano che la Madonna appariva. Ma la gente del luogo era ospitale e orgogliosa.
La dittatura comunista cadde nel 1990, quando il popolo croato si pronunciò plebiscitariamente a favore dell'indipendenza e della separazione dalla fittizia unità jugoslava. Tutto ciò era contrario all'idea della grande Serbia e l'esercito jugoslavo, costituito principalmente da serbi, attaccò la Slovenia (25 giugno 1991, decimo anniversario delle apparizioni della Vergine), la Croazia e la Bosnia e Erzegovina, cercando di soffocare la loro indipendenza. Alcune centinaia di uomini persero la vita durante questi scontri sanguinosi. Il mondo avrebbe potuto fermare questo versamento di sangue, ma ciò non fu fatto a causa di interessi personali. La Comunità Europea condannò solo le parti belligeranti sperando in questo modo di lavarsene le mani e di salvare la Jugoslavia intesa come stato costituito da più popoli che avrebbero potuto essere utili ai loro fini personali. Il primo ministro del Presidente Bush, James Baker, consentì addirittura all'esercito jugoslavo di attaccare la Slovenia.
Le potenze europee e mondiali hanno cercato e continuano a cercare i propri interessi in questi territori e per questo anche ora tentano di offuscare questa guerra e di considerarla una guerra civile in cui tutti sono uguali. La verità è completamente diversa e semplice: i Serbi, volendo realizzare la grande Serbia, hanno attaccato altri popoli che fino ad allora avevano vissuto insieme a loro in uno stato comune. Questo è stato possibile perchè nell'ex-Jugoslavia detenevano il potere nelle proprie mani. Le grandi potenze cioè le avevano assegnato il ruolo di gendarme dei Balcani e per questo guardavano benevolmente a tutte le loro azioni. Anche quando ebbero inizio i primi genocidi, come quello di Vukovar, non vollero fermarli. Iniziarono a fermarli solo quando superarono tutti i limiti e iniziarono a ledere il prestigio di chi li difendeva.
La guerra dei croati con la comunità musulmana in Bosnia ed Erzegovina (1993) fu il risultato di una serie di incompresioni e del desiderio di alcuni servizi di informazione stranieri di aiutare i serbi ad occupare quanto più territorio possibile in Bosnia ed Erzegovina ed a mantenerlo. I croati volevano solo che nessuno più li comandasse, desideravano avere le proprie scuole e chiamare la propria lingua croato, rimanendo ancora in Bosnia e Erzegovina. La comunità musulmana, essendo la più numerosa in Bosnia e Erzegovina e grazie al proprio comando fondamentalista, desiderava che lo stato venisse governato dalle leggi dell'islam e voleva imporre anche agli altri il proprio potere. Per questo motivo da tutte le parti del mondo giunsero dei mujaheddin i quali commisero terribili atrocità in Bosnia e Erzegovina. Questa guerra però si interruppe presto perchè in realtà non era necessaria.
Oggi Medjugorje si trova nello stato della Bosnia e Erzegovina. A causa del domino comunista e di una guerra spaventosa Medjugorje ha le infrastrutture carenti. Ma questo non ha comunque scoraggiato i pellegrini dal venire, neppure nel periodo in cui gli scontri erano più cruenti. Molti di loro hanno portato il proprio aiuto ed hanno consentito al popolo croato di rimanere in questa zona ed il popolo croato non lo dimenticherà mai. Tutti i giorni ora i pellegrini arrivano sempre più numerosi. Tutti loro desiderano con tutto il cuore vivere il tempo della grazia senza consentire che questo tempo passi senza di loro.