Nedugo nakon ukazanja Kraljice mira prodrlo je u javnost da se dijecezanski i franjevački svećenici u mostarskoj biskupiji ne slažu u svim pitanjima uređenja odnosa. Taj spor je, inače, otvoren prije više od stotinu godina i nažalost traje još i danas. Na mjesnoj razini ne bi bio ovako zaoštren da se mostarska biskupija ne nalazina području gdje se sjeku vjere, kulture i civilizacije, a na svjetskoj razini ne bi bio uopće značajan da se ne radi o biskupiji u kojoj se Gospa ukazala. Nedvojbeno je da utječe i na stav mjesne i cjelokupne Crkve u Hrvata prema Gospinim ukazanjima. Treba se samo prisjetiti da je u prvih nekoliko mjeseci mjesni biskup Pavao Žanić vjerovao u istinitost Gospinih ukazanja, a onda zbog samo njemu poznatih razloga promijenio taj stav. Želećisačuvati tzv. biskupsku kolegijalnost biskupi Crkve u Hrvata otada se nastoje uzdržati od izjava. Slijedili su ih i drugi poznati crkveni ljudi. Ipak, neprestano je bilo značajnih iznimaka.
U nedjelju 21.01.2007. navršilo se pet godina od smrti bivšeg međugorskog župnika i osnivača vjersko-humanitarne organizacije „Međugorje-Mir“ dr. fra Leonarda Oreča. U međugorskoj župnoj crkvi u 18 sati za njega se slavila sv. misa koju je predslavio fra Ivan Landeka, dugogodišnji međugorski župnik i sadašnji predsjednik organizacije „Međugorje-Mir“ na čijem je čelu naslijedio fra Leonarda, u suslavlju sa sadašnjim međugorskim župnikom dr. fra Ivanom Sesarom.
26.01.2002. – U subotu 26. siječnja 2002. u župnoj crkvi sv. Jakova u Međugorju vjenčali su se Vicka Ivanković iz Međugorja i Mario Mijatović rodom iz Sarajeva.
Brak kojeg je blagoslovio međugorski župnik fra Branko Radoš, sv. Misa na kojoj su uz njega koncelebrirali fra Jozo Zovko, fra Ivan Landeka i dvadesetak svećenika iz cijelog svijeta, vjenčanje koje je okupilo stotine prijatelja iz cijelog svijeta i tridesetak fotografa i novinara, za Vicku - vječno nasmijanu međugorsku župljanku koja i dan danas svakodnevno ima Gospina ukazanja - znači da od sada uz nju stoji čovjek uz kojega se je ljubavlju vječno vezala, i koji će joj biti sigurna podrška u službi Gospinih poruka i vjernika koji danonoćno dolaze u potrazi za svjetlom na njihovom kršćanskom putu.
U poruci od 25.09.2001. , Gospa kaže:
«Ja vas iznova pozivam, dječice, molite i postite da vam Bog dadne mir»
Moliti i postiti za mir bili su sadržaj cijelog života pok. Fra Slavka Barbarića od dana kad se stavio u službu Gospinih poruka. U svojoj posljednjoj knjizi «Postite srcem», fra Slavko je posebno pisao o dimenziji posta i molitve za mir. Poslušajmo nekoliko izvadaka iz te knjige:
Razgovor s biskupom mons. Girolamom Grillom iz Civitavecchia - “Stablo se prepoznaje po plodovima” navodi biskup Girolamo Grillo Isusovu riječ iz evanđelja, kad ga se zapita spram Gospe što suzi krvave suze u gradu Civitavecchia. Jedan kipić Majke Božje što je kupljen u Međugorju prije više od deset godina počeo je prije deset godina prvi put suziti krvave suze u malomu mjestu Pantano, u blizini grada Civitavecchie, udaljena 60 km od Rima.
Prije nekoliko godina, kad sam bio biskup u Louisiani, vjerojatno 1988., bio sam na prvom „Ad Limina“ posjetu Svetom Ocu u Rimu.
Sa mnom su bili i drugi biskupi Louisiane i, prema običaju koji je gajio papa Ivan Pavao II., bili smo pozvani kod njega na ručak. Za stolom s njim bilo nas je osam.
Bila je poslužena juha. Biskup Stanley Ott iz Baton Rouge, Louisiana, koji je u međuvremenu preminuo, upitao je Svetog Oca: „Sveti Oče, što mislite o Međugorju?“
U mađarskoj zemljoradničkoj župi sv. Petra i Pavla u mjestu Male Pijace u Vojvodini živi oko 2000 duša. U crkvi se svakog četvrtka navečer održava klanjanje pred Presvetim. Molitvene meditacije prate se iz Međugorja zahvaljujući „Radio Mariji“ iz Novog Sada koja se uključuje u prijenos koji osigurava Radio „Mir“ Međugorje. Ako u Međugorju nema prijevoda na mađarski, prevodi se iz studija u Novom Sadu.
B.P.H. – U sva tri mjesta hodočašća, Gospa nas poziva na kajanje, oprost i molitvu. U ovom aspektu poruke ova tri ukazanja su slična. Međutim, razlika u Međugorju je što ukazanja traju već 23 godine. Intenzitet nastavka nadnaravnog ne jenjava i ne opada svih ovih godina, a rezultira da se još veći broj intelektualaca ovdje obraća.
Blagdan Uzvišenja Svetog Križa u župi Međugorje zove se „Križevac“ i tradicionalno se slavi prve nedjelje nakon Male Gospe. U čast Svete godine Otkupljenja 1933./34., potaknuti tadašnjim župnikom fra Bernardinom Smoljanom, međugorski su župljani, usprkos velikoj neimaštini, na brdu ponad Međugorja sagradili monumentalni betonski križ visok 8,5 a širok 3,5 metara. U njegovo su križište ugrađene relikvije Isusova Križa dobivene iz Rima. 16. ožujka 1934. tamo je po prvi puta slavljena sv. Misa. Već u rujnu 1935., biskup fra Alojzije Mišić odredio je da se blagdan Uzvišenja sv. Križa u Međugorju slavi u prvu nedjelju poslije Male Gospe i da se tada na Križevcu slavi pučka misa. Sve do 1981., bio je to blagdan za župljane i prijatelje iz okolnih mjesta, a od 1981. nadalje, postao je to blagdan za hodočasnike iz cijelog svijeta.
Kada su 24., odnosno 25. lipnja 1981. započela Gospina ukazanja u župi Međugorje u biskupiji Mostarsko-duvanjskoj i Trebinjsko-mrkanjskoj, u koju spada župa Međugorje, biskupom je bio Pavao Žanić (1971 - 1993). Naslijedio ga je dr. Ratko Perić.